Aufgrund einer über hundertjährigen Praxis kann der Zentralkommission eine zweifache Natur zugesprochen werden.
Einerseits ist sie eine ständige diplomatische Konferenz, die den Vertretern der Mitgliedstaaten einen Rahmen zur Erörterung aller die Binnenschifffahrt betreffenden Fragen einschließlich der Revision der Rheinschifffahrtsakte oder des Abschlusses neuer Übereinkommen bietet. (Die Änderungen der Mannheimer Akte und mehrere gesonderte Übereinkommen z. B. über die Soziale Sicherheit und die Arbeitsbedingungen der Rheinschiffer sowie über Abfälle in der Rheinschifffahrt wurden in der ZKR ausgehandelt).
Andererseits ist sie eine internationale Organisation, die mit eigenen Befugnissen ausgestattet ist. Aus diesen Befugnissen ergeben sich folgende drei Aufgaben:
Die Zentralkommission ist auch für die Prüfung aller Fragen im Zusammenhang mit der Förderung der Rheinschifffahrt zuständig. Diese Aufgabe nimmt sie entweder formell im Rahmen ihrer Plenartagungen und Ausschüsse oder informell im Rahmen von Konferenzen, Runden Tischen oder anderen Arbeitssitzungen wahr. Die damit verbundenen Arbeiten können zu unterschiedlichen Handlungsformen führen (Empfehlungen, Erklärungen, Memoranda of Understanding usw.).
In diesem Rahmen führt die Kommission auch Studien durch, erstellt Berichte und veröffentlicht verschiedenerlei Informationen wie Statistiken oder Dokumente zur Marktbeobachtung.
Damit die ZKR diese Befugnisse umsetzen kann, ist sie mit internationaler Rechtspersönlichkeit ausgestattet. In dieser Eigenschaft hat sie am 10. Mai 1978 mit der französischen Republik ein Sitzabkommen geschlossen.