Probleme aus dem Bereich der Rheinschifffahrt werden von den nationalen Delegationen oder dem Schifffahrtsgewerbe in die ZKR eingebracht. Die Plenarsitzung entscheidet oder verweist das Problem an einen Fachausschuss, der, falls notwendig mit Hilfe von Sachverständigen, einen Lösungsvorschlag ausarbeitet.
Die Beschlüsse der ZKR werden in zahlreichen Fachausschüssen und Arbeitsgruppen von Sachverständigen der Mitgliedstaaten, die mehrmals im Jahr zusammentreten, vorbereitet und der Plenarsitzung zur Annahme durch Beschluss vorgelegt.
Übersicht über die Ausschüsse und Arbeitsgruppen: