Die Zentralkommission pflegt eine lange Tradition der internationalen Zusammenarbeit mit anderen internationalen Organisationen, Nichtmitgliedstaaten und an der Binnenschifffahrt interessierten Nichtregierungsorganisationen. Der Grund dafür ist, dass die Tätigkeit der ZKR sich über den Rhein hinaus auf die gesamte europäische Binnenschifffahrt auswirkt. Die ZKR tritt im Übrigen seit jeher für eine Integration der Binnenschifffahrt auf europäischer und internationaler Ebene ein.
Die internationale Zusammenarbeit der ZKR ist in Artikel 44 quinquies der Mannheimer Akte genannt.