Zwischen der Zentralkommission und der Europäischen Union besteht eine langjährige Tradition der Zusammenarbeit.
Diese Zusammenarbeit findet derzeit insbesondere im Rahmen der Verwaltungsvereinbarung statt, die am 3. März 2003 zwischen der ZKR und der Europäischen Kommission geschlossen wurde . Diese Vereinbarung geht auf einen Briefwechsel zurück, der im Jahre 1961 seinen Anfang nahm, und sieht einen systematischen Informationsaustausch und regelmäßige Koordinierungssitzungen vor. Die ZKR erkennt der Europäischen Kommission den Beobachterstatus zu. Umgekehrt gewährt die Europäische Kommission der ZKR einen Beobachterstatus im EU-Binnenschifffahrtsausschuss.
Mit der Verabschiedung des Zusatzprotokolls Nr. 2 hat die ZKR den Staaten der Europäischen Union hinsichtlich des Zugangs zum Rhein dieselben Bedingungen eingeräumt wie ihren eigenen Mitgliedstaaten. Dazu haben die ZKR und die Europäische Gemeinschaft einheitliche Vorschriften zur Bestimmung der zur Rhein- bzw. EU-Schifffahrt gehörigen Schiffe erlassen. [Zugang zum Rheinschifffahrtsmarkt]
Im Rahmen der Umsetzung des Gemeinschaftsprogramms zur Struktursanierung hat die ZKR einheitliche Vorschriften erlassen, um eine vollständige Integration der Rheinschifffahrt in dieses Vorhaben sicherzustellen (Zusatzprotokolle Nr. 4 und 5).
Seit mehr als zehn Jahren führt die Zentralkommission gemeinsam mit der Europäischen Kommission ein Programm zur Marktbeobachtung durch. Dabei arbeitet sie eng mit dem Gewerbe zusammen.
Auch im Bereich der technischen Vorschriften für Binnenschiffe haben die ZKR und die EU einheitliche Bestimmungen erlassen und zudem die gegenseitige Anerkennung ihrer Schiffsführerzeugnisse vereinbart. Um die Einheitlichkeit der Eintragungen und der Sicherheitsmaßnahmen langfristig sicherzustellen, haben sie eine gemeinsame Arbeitsgruppe (JWG) eingesetzt, die mit der Erarbeitung von Vorschlägen zur Fortentwicklung der technischen Vorschriften betraut ist. Das Sekretariat dieser Arbeitsgruppe ist Gegenstand einer Kofinanzierungsvereinbarung zwischen der ZKR und der Europäischen Kommission.
Der Generaldirektor für Mobilität und Verkehr der Europäischen Kommission (GD MOVE) und der Generalsekretär der Zentralkommission für die Rheinschifffahrt (ZKR) haben am 22.05.2013 eine Verwaltungsvereinbarung zur Stärkung der Zusammenarbeit zwischen den beiden Institutionen unterzeichnet . Ihre gemeinsamen Ziele bestehen in der Gewährleistung eines optimalen Funktionierens des Binnenschifffahrtsmarktes und der Beseitigung der Hemmnisse für eine stärkere Nutzung des Verkehrsträgers Wasserstraße.
Die Verwaltungsvereinbarung erstreckt sich auf drei wichtige Kooperationsbereiche, nämlich:
Die beiden Institutionen streben durch diese neue Form der Zusammenarbeit eine Optimierung der Effizienz ihrer jeweiligen Politiken in diesen Bereichen an. Dies soll insbesondere durch eine bessere Abstimmung ihrer Prioritäten und die Einführung neuer gemeinsamer Bezugsstandards für ihre Regelwerke erreicht werden. Eine solche Zusammenarbeit stelle einen großen Vorteil für die Binnenschifffahrt dar, die einen kohärenten und effizienten Rahmen brauche, um ihr Potential voll ausschöpfen zu können.
In ihrem Arbeitsdokument „Auf dem Weg zu NAIADES II“ vom Mai 2012 haben die Dienststellen der Europäischen Kommission die Notwendigkeit zur Stärkung der internationalen Zusammenarbeit im Binnenschifffahrtssektor anerkannt. Als Teil dieser Stoßrichtung sieht die neue Verwaltungsvereinbarung die verstärkte Nutzung des Expertenwissens der ZKR in verschiedenen Bereichen sowie die Straffung der Regelwerke durch die Schaffung gemeinsamer Strukturen vor.