De CCR besteedt aandacht aan een nauwe samenwerking met de andere rivierencommissies.
De contacten met de Donaucommissie hebben een lange traditie. Beide organisaties nodigen elkaar uit voor hun plenaire vergaderingen en werkvergaderingen. Op 22 juni 2001 werd in het kader van een gezamenlijke vergadering van de twee Commissies een gemeenschappelijke verklaring aangenomen.
In 2008 werd een samenwerkingsovereenkomst met de Moezelcommissie gesloten.
In 2014 is deze samenwerking versterkt door middel van een nieuwe overeenkomst.
De op 8 december 2022 ondertekende samenwerkingsarrangement vervangt de arrangementen van 2008 en 2014.
In 2001 werd een versterking van de samenwerking met de Internationale Commissie ter Bescherming van de Rijn gesloten.
De samenwerking met de Internationale Commissie voor de Hydrologie van het Rijngebied (CHR) werd herbevestigd in 2021.
Met de Savacommissie worden eveneens regelmatige betrekkingen onderhouden.